Osnovna delatnost VSI "SOMBOR" obuhvata sledeće aktivnosti iz oblasti veterinarske medicine: laboratorijsko ispitivanje u dijagnostici bolesti životinja, epizootiološko i kliničko ispitivanje, zdravstvena ispravnost namirnica životinjskog porekla i hrane za životinje, reprodukcija, ishrana, promet bioloških preparata, veterinarskih lekova, opreme i sredstava za DDD.

Organizaciono Veterinarski specijalistički institut "SOMBOR" se sastoji iz

• Sektora za laboratorijska ispitivanja,
• Sektora za zdravstvenu zaštitu životinja,
• Odeljenja prometa bioloških preparata, veterinarskih lekova i opreme i sredstava za DDD,
• Odeljenja zajedničkih poslova.

Sektor za laboratorijska ispitivanja se bavi ispitivanjem uzoraka biološkog materijala životinjskog porekla. Pri tom se u odvojenim laboratorijama vrše bakteriološka, serološko-imunološka, parazitološka ispitivanja, kao i mikrobiološka ispitivanja namirnica i hrane za životinje. Sama laboratorija je opremljena i osposobljena za dijagnostiku velikog broja zaraznih, parazitskih i uzgojnih bolesti domaćih životinja.

U Sektoru za zdravstvenu zaštitu životinja su zaposleni stručnjaci iz oblasti epizootiologije, reprodukcije i VO domaćih životinja i patologije. Njihov prvenstveni zadatak je sistemsko praćenje epizootiološke situacije na terenu, sprovođenje Programa mera, saradnja sa veterinarskom inspekcijom i terenskom veterinarskom službom na otkrivanju, kliničkoj dijagnostici, terapiji, suzbijanju i iskorenjivanju zaraznih i uzgojnih bolesti što se pokazalo naročito uspešno u praksi na početku 2006. godine prilikom suzbijanja avijarne influence na našem epizootiološkom području.

Odeljenje prometa bioloških preparata, veterinarskih lekova i opreme i sredstava za DDD, se bavi distribucijom bioloških preparata i dijagnostikuma veterinarskim stanicama koje ostvaruju Program mera zdravstvene zaštite životinja u Republici Srbiji, na epizootiološkom području za koje je ovlašćen VSI "SOMBOR".

Stručnjaci Veterinarskog specijalističkog instituta ''SOMBOR'' učestvuju u međulaboratorijskoj saradnji, vrše stalnu razmenu stručnog iskustva sa stručnjacima iz raznih institucija u oblasti veterinarstva i javnog zdravlja, a redovno učestvuju i na skupovima, savetovanjima i simpozijumima.